ну и в чем проблема то? кидаешь новую версию на флешку, а старая пусть на внутренней памяти, у тя получится 2 программы, ссылки на которые ты можешь сделать из альт.меню или при переходе на другую версию просто меняешь путь к навигационной программе, в этом случае альт меню вообще не понадобится...